Il est très rare qu’un métabolite soit considéré comme pertinent, à cause du manque de données disponibles : sans test réalisé sur le métabolite, il n’est pas possible de montrer une quelconque toxicité, s’il y a lieu, et donc de conclure à la pertinence du métabolite.
Sans donnée disponible sur les métabolites eux-mêmes, l’évaluation de la pertinence se base essentiellement sur les propriétés des substances actives. Une attention particulière est mise sur les métabolites issus de substances actives cancérigènes ou toxiques pour la reproduction. Si la substance active est classée reprotoxique (toute catégorie) ou cancérogène (catégorie 2), il doit être montré que le métabolite ne possède pas les mêmes propriétés. Toutefois, la méthodologie européenne d’évaluation de la pertinence laisse la possibilité pour les firmes de fournir “d’autres preuves convaincantes” qui se résument le plus souvent à un simple argumentaire, et non de véritables études, afin de conclure à la non pertinence du métabolite. Ainsi même si la substance active est classée cancérigène ou reprotoxique et alors qu’aucune étude n’est disponible sur le métabolite, celui-ci peut quand même être considéré comme non pertinent.
Dans de nombreux cas, les informations fournies par les firmes et contenues dans les dossiers réglementaires sont insuffisantes pour tirer des conclusions, et l’évaluation de la pertinence est alors considérée comme « non finalisée » par l’EFSA. Cela n’empêche cependant pas l’autorisation de la substance active,ce qui est une faille importante de la réglementation.